MA GUPPI / MAN Kotabaru Didirikan pada tanggal 1 Februari 1977 oleh Lembaga Pendidikan Islam yang bernama GUPPI ( Gabungan Usaha Pembaharuan Pendidikan Islam) yang diketuai oleh KH. Kusairin Imansyah (Alm). Selanjutnya digantikan oleh H. As’ad Basran (Alm) dan H. Husaini Suriansyah.

Kepala MA GUPPI Pertama adalah Rahmad M (Alm) dengan lokasi madrasah menempati bekas gedung sekolah SKKP beralamat di Jln. Sisingamangaraja Kotabaru / Sekarang Kantor Telkom).

Pada tahun 1980 MA GUPPI dipimpin oleh Drs. UU Muzafar dengan lokasi Madrasah pindah ke Jln. Veteran KM. 2 Kotabaru menempati gedung PGAN 4th yang sudah tidak terpakai lagi karena PGAN 4th lebur menjadi MTSN 1 dan menempati gedung baru di jalan H. Agussalim Kotabaru. Seiring perkembangan waktu MA GUPPI mengalami pertumbuhan dan perkembangan yang membanggakan hal ini selain siswanya terus bertambah juga didukung oleh Guru-guru honorer yang sebagian besar berasal dari karyawan Departemen Agama dan Pengadilan Agama Kotabaru yang tulus membantu mengajar seperti Drs. Aus Sutisna, Drs. Jayamadi Babas, Drs. Mawardi Syukri, Drs. Amang Armawan, Anwar Kusairi BA, Hamdi Asnawi, Kurdiat, dll yang tidak dapat kami sebutkan satu persatu. Tahun 1984 MA GUPPI dipimpin H. Djamhuri BA, pada waktu kepemimpinan beliau ini MA GUPPI terus mengalami pertumbuhan dan perkembangan baik siswa maupun prestasinya. Diantara prestasi itu ialah selalu juara cerdas cermat P4 ( Pedoman Penghayatan dan Pengamalan Pancasila), Juara pidato baik Tk. Kabupaten dan Propinsi demikian pula dengan kegiatan pramuka dan olahraga.

Sesuai dengan SK Menteri Agama RI Nomor : 24 tanggal 25 Oktober 1993 MA GUPPI yang sebelumnya berafiliasi ke MAN Gambut telah berubah statusnya menjadi MAN Kotabaru. Inilah yang menjadi patokan HUT MA GUPPI / MAN Kotabaru di Peringati setiap tanggal 25 Oktober setiap tahun.

Sesuai dengan menyandang Predikat Negeri minat siswa memasuki Madrasah ini terus bertambah sehingga ruang kelas yang ada tidak bisa lagi menampung pertambahan siswa. Maka sebagian kelas menggunakan ruang MI Raudhatul Jannah Jl. Brigjend H. Hasan Basri dan selanjutnya pada ahun 1997 dari Proyek Perguruan Agama Islam Tingkat Menengah dibangunkan 3 buah RKB ditempat ini.

Setelah berakhirnya masa jabatan H. Djamhuri BA Tahun 2000 beliau digantikan Drs. Fakhruddin Japeri hingga 2003.

Selanjutnya pada tahun 2003 dipimpin oleh Makmur BA, pada masa ini pertumbuhan dan perkembangan siswa ternyata masih belum mampu menampung lonjakan siswa yang masuk. Sehingga pihak Madrasah bersama Majelis Madrasah (sekarang Komite Madrasah) mengajukan Proposal Bantuan ke Pemda KTB untuk pembelian tanah pada tahun 2005 Pemda KTB memberikan dana untuk pembebasan tanah seluas 10.105m² berlokasi diatas gunung Jl. Brigjend H Hasan Basri (yang ditempati sekarang) dengan dibangunkannya Gedung Baru di lokasi ini tahun 2005 maka tempat belajar terbagi menjadi 3 lokasi. Hal ini berlangsung hingga kepemimpinan H. Abdul Muis, S. Ag tahun 2007.

Melihat kenyataan betapa sulitnya mengelola madrasah di tiga lokasi yang berjauhan sama seperti pengalaman waktu menjadi Kepala MTSN 1 Kotabaru tahun 1998-2006 yang juga di tiga lokasi yakni Jl. H. Agussalim bawah (dekat Masjid Jami Baitul Abrar) Lokasi atas gunung (Dekat rumah bupati) dan di jalan sarang tiung Km 3,5 desa sigam ( Sekarang MTSN 2 Kotabaru) maka H. Abdul Muis, S. Ag bersama Komite Madrasah yang diketuai oleh H. Husaini Suriansyah berupaya membuat beberapa Proposal, baik ke Kanwil Depag Kalsel, ke PEMDA Kotabaru, Kepada Dunia Usaha, BAZ, dan orang tua siswa untuk melengkapi penyediaan Fasilitas dilokasi baru, Alhamdulillah dengan usaha yang tidak mengenal lelah dibantu semua pihak terutama Gerakan Infaq dari orang tua siswa sehingga awal Tahun 2011 seluruh siswa dapat disatukan dalam satu lokasi dan hingga saat ini hampir semua standar fasilitas pendidikan dapat terpenuhi. Kepada semua pihak yang turut berperan memajukan Madrasah ini kami ucapkan terima kasih.

Setelah berakhirnya masa jabatan H. Abdul Muis, S.Ag Tahun 2017 beliau digantikan Adi Rosadi, S.Ag hingga tahun 2020, kemudian beliau digantikan Muhammad Yamin, S.Ag. MM hingga sekarang.